組織・運営
飯島延浩理事長（山崎製パン株式会社代表取締役社長）の総括指揮の下に、上野川修一副理事長（東京大学名誉教授）が食品科学の専門家として、学術研究助成関係全般の審査、指導に当たるほか、紺野邦昭常務理事ほか4名の事務局スタッフによって事業運営が行われている。
組織としては、理事会（木村修一東北大学名誉教授ほか5名）、評議員会（大澤俊彦愛知学院大学心身科学部教授ほか10名）、選考委員会（井上國世京都大学大学院農学研究科教授ほか14名）があり、財団運営に関する重要事項について議決や選考の審議に当たっている。
| 理事・監事 第14期（平成22～23年度） ＊常勤 |
| 理事長 |
飯島 延浩 |
山崎製パン（株）代表取締役社長 |
| 副理事長 |
上野川 修一 |
東京大学名誉教授 |
| 常務理事 |
紺野 邦昭＊ |
元農林水産省東北農政局次長 |
| 理 事 |
飯島 幹雄 |
山崎製パン（株）常務取締役 |
| 木村 修一 |
（独）理化学研究所客員主管研究員・東北大学名誉教授 |
| 坂野 好幸 |
東京農工大学名誉教授 |
| 監 事 |
大濱 宏文 |
バイオヘルスリサーチリミテッド代表取締役 |
| 高橋 勉 |
前（財）飯島記念食品科学振興財団常務理事 |
| 評議員 第14期（平成22～23年度） |
| 評議員 |
阿部 啓子 |
東京大学特任教授・名誉教授 |
| 飯島 茂彰 |
ヤマザキナビスコ（株）代表取締役社長 |
| 大澤 俊彦 |
愛知学院大学心身科学部教授・名古屋大学名誉教授 |
| 小林 十四雄 |
弁護士 |
| 佐々木 堯 |
（社）日本パン技術研究所理事長 |
| 新行内 善二 |
税理士 |
| 田島 眞 |
実践女子大学生活科学部教授 |
| 中島 佑 |
東北大学名誉教授 |
| 三浦 洋 |
実践女子大学名誉教授 |
| 山田 憲典 |
山崎製パン（株）取締役副社長 |
| 吉田 友明 |
（財）老年歯科医学総合研究所理事長 |
| 選考委員 第14期（平成22～23年度） |
| 選考委員長 |
上野川 修一 |
東京大学名誉教授 |
| 選考委員 |
新井 映子 |
静岡県立大学食品栄養科学部教授 |
| 井上 國世 |
京都大学大学院農学研究科教授 |
| 井上 好文 |
（社）日本パン技術研究所所長 |
| 門脇 基二 |
新潟大学大学院自然科学研究科教授 |
| 久保田 紀久枝 |
お茶の水女子大学大学院 人間文化創成科学研究科教授 |
| 佐藤 隆一郎 |
東京大学大学院農学生命科学研究科教授 |
| 清水 誠 |
東京大学大学院農学生命科学研究科教授 |
| 高野 克己 |
東京農業大学応用生物科学部教授 |
| 中山 勉 |
静岡県立大学大学院生活健康科学研究科教授 |
| 宮澤 陽夫 |
東北大学大学院農学研究科教授 |
| 宮脇 長人 |
石川県立大学生物資源環境学部教授 |
| 三輪 操 |
東京農業大学短期大学部栄養学科教授 |
| 矢ヶ崎 一三 |
東京農工大学大学院農学研究院教授 |
| 山崎 晶男 |
山崎製パン（株）常勤監査役 |
| 事務局スタッフ 第14期（平成22～23年度） |
| 事務局長 |
工東 正秀 |
| 助成事業部長 |
細谷 誠生 |
| 文書広報担当 |
舘山 清三郎 |
| 経理担当 |
倉重 美穂 |
